命他为刑部尚书。这样一来，原先朱允炆的故吏就渐渐归附，一心一意帮助成祖治理大明江山了。

为了尽快改变成祖即位初滥杀故臣所造成的恐怖紧张局面，在处理了建文旧臣后，成祖多次叮嘱司法机关各大臣，办理案件一定要依法办事，宁缓勿急。有一次，刑部送上判处死刑的300多人名单，请他审批。他看后说：“给这300多人所定的罪，恐怕未必个个都确实，你们再仔细地复审一遍，一定不能叫任何一个蒙冤受屈。”刑部按照成祖的旨令重新复审后，果然发现错案，有20多人无罪获得释放。

成祖是以藩王起兵“靖难”而夺取皇权的，他自然深知藩王拥兵过重对中央皇权所造成的威胁。他当了皇帝之后，为掩人耳目，稳定当时的局势，曾一度恢复了周、齐、代、岷四位亲王的封蕃。但几个月之后，他就寻找罪名，首先削夺了代王和岷王的护卫军队。接着他又将齐王废为庶人。永乐十年（公元1412年），辽王的护卫军队被削除；拥有护卫军队最多的宁王，也早于永乐二年被改封南昌。永乐十八年，周王被指控企图谋反。成祖召他入京，把揭发他的纸状拿给他看。周王慌忙跪下请罪，并主动献出了自己的护卫兵。

这样经过几年的努力，威胁最大的几位塞王的护卫军全部都被解除了，如此进一步加强了中央集权的封建统治。

削藩之后，继之而来的问题是如何加强北方的军事力量，以防外寇入侵。成祖经过深思熟虑，决定迁都北平。北平是成祖的发家之地，且距北面边防很近，又屯集有重兵。天子居中，正所谓可以居重御轻。

永乐四年，成祖在不惜杀掉反对迁都的某大臣后，下令修建北京宫殿，并重新改造北平旧城。

永乐十八年工程竣工。就在这一年，成祖宣布自明年起，以北平为京师，改南京为留都。永乐十九年春，成祖正式车驾北迁。

首都北迁后，南京为留都，并称南北两直隶。这样南京除了没有皇帝外，其他各种官僚机构以及设置和首都北京几乎完全一样。成祖任命自己的亲信驻守留都，掌管着南京的一切留守、防护事务。

其实，成祖夺位之初，即打定了要迁都的主意。永乐元年，他钦定了北平为北京，并着手组织力量修浚京杭大运河，以沟通北京与南方各地的联系。永乐九年，朱棣又命令工部尚书宋礼疏浚会通河。并沿运河建闸38座，以提高水位。至此，京杭大运河开始真正畅通。使南方的粮米和丝帛等物资通过漕运源源输往北京，北方物产也通过运河南下，大大增强了南北经济的交流，为迁都北京准备

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