，锐不可挡。阿睦尔撒纳仓皇逃入俄国。后来，他因患天花病死，俄国把他的尸体送给清廷。

南疆接着又发生了大小和卓木的叛乱。大小和卓木就是霍集占兄弟。他们是南疆的宗教首领，在维吾尔族中有很强的号召力。叛乱爆发后，迅速蔓延，乾隆帝派往南疆的使臣也被杀害。兆惠刚平定了天山北路，乾隆帝又命他立即率军赴南疆平叛。兆惠率领的清军仅3000人，被霍集占率领的1万多叛军围困在黑水。包围历时3个月，叛军始终未能攻破。乾隆帝命驻守乌鲁木齐的将军富德赴南疆增援。霍集占在清军的内外夹攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟被当地部族所杀，这场叛乱最后被平息。

乾隆帝鉴于准噶尔部屡次发生叛乱，便于乾隆二十七年在惠远城设伊犁将军，总辖新疆南北两路事务，从而加强了中央政府对新疆的统治。

乾隆年间，清廷与周边国家也时有战事发生。乾隆帝在平定了大小金川的叛乱后，又命阿桂赴云南，与云贵总督李侍尧勘定中缅边界。因叛乱者有不少人逃往缅甸，乾隆帝命他们整修战备，向缅甸索要叛人。缅王孟驳闻讯十分恐慌，马上遣使奉表入贡，表示愿意献还俘虏，只请求开关互市。乾隆帝答应了缅甸的要求，但缅人只将叛人放回了一半。乾隆帝遣使切责，缅甸新王孟云慑于中国的军威，便遣使奉金塔一座，驯象8只和宝石、番毡等物求贡，并将叛人全部送回。乾隆帝十分高兴，乃颁诏封孟云为缅甸国王，并谕暹罗，不可与缅甸继续构兵。从此以后，缅甸和暹罗二国都臣服清朝，不敢轻易发动战争。

乾隆二十六年（公元1791年）八月，廓尔喀侵略军进犯西藏，深入到日喀则，占领了札什伦布寺，将六世班禅遗留的金银财物、法器珍宝抢劫一空，并到处烧杀抢掠，使西藏僧俗人民遭受了极大的灾难。乾隆帝闻讯后，即派福康安为将军，海兰察为参赞，调兵入藏，迎击入侵的敌军。清军所到之处，受到西藏人民的支持和欢迎，达赖喇嘛还亲自带领僧俗人等协助作战。清军很快将廓尔喀侵略军逐出西藏，并越过喜马拉雅山，到达距加德满都仅20英里的纳瓦科特。廓尔喀统治者遣使求和，表示今后永不侵犯西藏，并归还掠夺的金银宝物。福康安奏请乾隆帝谕示，乾隆帝接受了廓尔喀的停战条件，命福康安撤兵返回西藏。

乾隆帝感到西藏地方政府太腐朽，无力阻止外来侵略，行政体制也存在着不少弊端，遂命福康安与达赖、班禅共定西藏善后章程，这就是著名的《钦定西藏章程》。它成了中央政府为西藏地方政府制定的最高法律。乾隆还提高了

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