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除了遇害清廷说之外，一种主要的说法认为崇祯太子被李自成军西行时带走。《明史纪事本末》中记载了这样的情形。在李自成与吴三桂作战时，曾经“挟太子登高岗（《明季北略》做庙岗）立马观战”；在两方议和时，吴三桂提出“归我太子、二王，速离京城，……而后罢兵”。这些记述都表明太子确实和李自成在一起。

李自成与吴三桂初战受挫之后，决定离京西行。《明季遗闻》对李自成离京前后的情况写得很具体，说李自成于“二十六日，狼狈还京……二十八日悉锐西行，辎重无算。或曰太子、二王挟之俱出。二十九日，焚宫殿，后队亦离去。又三年，自成病死罗公山……”这本书是邹流绮编辑的，他是清朝顺治年间的人。他写此书的《自序》是在顺治丁酉（１６５７年），可见他搜集材料时据“贼乱”只有十年左右。此书《凡例》中讲到这本书有的材料是“本之家大人纪略”，由于他们父子都是甲申之变的目击者，所以这本书是比较值得信赖的。

对于《明季遗闻》的记载，《明史》也予以确认，说李自成在北京“披冠冕，列仗受朝”之后，“挟太子、二王西走，而使伪将军左光先、谷可成殿”。在《崇祯诸子》一章中，也写道“京师陷，贼获太子，伪封宋王。及贼败西走，太子不知所终”。由此不难得知，李自成和吴三桂的和议之后，交给吴三桂的“太子”是道地的冒牌货。因为太子、二王一直就在李自成的军营中。

不过这种说法也有一个大疑问，就是在太子随李自成离京西走之后，再就未见诸任何记载。而那个从吴三桂营中逃出来的“太子”的去向和真伪就成了明末的一个大议题。

《明季南略…太子一案》中说道，太子被人引导进入皇姑寺，然后与太监高起一起逃往天津，浮海南下。还有说太子已经“卒于乱军”，还有说太子落难北方。总之，关于这个问题的传闻实在太多，而且有很多是出于别有用心的动机。

崇祯太子朱慈R确实曾被李自成军俘获而行，由上面《明季遗闻》和《明史》的分析，我们基本上可以判断事实的真相就是如此。这种说法的关键是，当时与太子同时